Goku en su segunda niñez.
Luego de varios años, en el año 789 Gokū es convertido en un niño otra vez con las Dragon Balls de la estrella negra, que son descubiertas por el viejo enemigo de Gokū, Pilaf. Deben ser recolectadas dentro de un año o si no el planeta en donde se pidió el deseo, es decir, la tierra, será destruida, por lo que Gokū, Trunks y su nieta... Pan (En vez de ser Goten, quien en un principio iba a ir) deciden embarcarse en el espacio para encontrarlas. Los tres viajeros rápidamente se enredan en un diagrama por sobrevivir de un pasado Tsufurujin, el Dr. Mu, que quiere vengarse de los Saiyajin. La fruta de su trabajo, Baby, quien pronto toma el control de la situación, y después de matar al Dr. Mu, viaja a la Tierra buscando en busca de todo saiyajin vivo. Él pronto gana control sobre el planeta poseyendo a ciertos personajes (principalmente Vegeta), y eventualmente la mayoría de la población de la tierra. Baby desea que el planeta original Tsufuru, Plant (antes de que la interferencia del Saiyajin) sea reconstruido usando las Esferas del Dragón definitivas, pero antes de que Baby (que ahora asume totalmente la identidad de Vegeta) pueda ejecutar completamente su plan, Gokū finalmente puede destruirlo después de lograr un nuevo nivel de Super Saiyan, el Super Saiyan 4, gracias a la extracción de una nueva cola. Desafortunadamente, la Tierra ahora tiene el destino sellado, y su población entera debe trasladarse al nuevo planeta Tsufuru antes de la destrucción de ésta. Piccolo, sin embargo, elige permanecer detrás y morir en la explosión, llevándose consigo las Dragon Balls de la estrella negra. La tierra se restaura eventualmente, gracias a Polunga.
Tras un breve periodo de paz, esta se ve interrumpida por la repentina aparición de un inmenso agujero en el cielo de la tierra el cual conecta el mundo real con el infierno del Otro Mundo. Esto ha sido obra de la alianza del Dr. Gero y Dr. Myu en el infierno. Se han aliado para crear el plan definitivo que acabará con Gokū: La creación de un nuevo C17 que se uniria al C17 original para crear un nuevo Super Androide llamado Super C-17. De paso, la energía desprendida por ambas creaciones ha supuesto una rotura en la dimensión espacio-temporal, haciendo posible que los muertos llevados al infierno regresaran al Mundo de los vivos. El nuevo C17 ataca a Trunks sin piedad y reta a Gokū a un duelo en el Infierno. Gokū acepta pero comprueba que se trata de un vil plan para dejarle encerrado allí. Cell y Freezer aparecen y se enfrentan a Gokū, pero éste les recuerda que su potencial se ha visto aumentado desde su último encuentro y logra derrotarlos, aunque, debido a que ya están muertos, estos no pueden volver a morir. Finalmente, Gokū consigue desbancarlos empleando una máquina de congelación de almas. Piccolo, ya muerto, aparece eventualmente (Se traslada voluntariamente del Cielo al Infierno) ante Gokū y con la ayuda de Dende consigue escapar de su prisión. Mientras, en la Tierra, los guerreros GT derrotan a todos los muertos vueltos a la vida, pero se ven incapaces de derrotar a Super C-17 y todos caen vencidos, hasta que Gokū reaparece. Convertido en Super Saiyan, Gokū hace frente al androide sin éxito, para más tarde enfrentarse en Super Saiyan de nivel 4. Super C-17 revela que es capaz de absorber todo ataque que le sea lanzado, por muy fuerte que este sea. Todo parece perdido hasta que la repentina aparición de C18 en combinación con Gokū (que descubre el punto débil del androide) supone el fin de Super C-17, aniquilado con un Golpe del Dragón y un 3 Kame Hame Ha. Krillin y muchas otras inocentes víctimas perecen ante el siniestro plan de los Doctores.
Cuando Shen long es convocado de nuevo para revivir a los muertos por Super C-17, tras observar todos atónitos las Esferas del Dragón agrietadas, un dragón extraño y oscuro aparece en su lugar. Este "dragón del humo negro" se divide en siete dragones malvados, cada uno con una Dragon Ball agrietada en su cuerpo. Gokū y sus compañeros luchan valerosamente para derrotar estos dragones nuevos. Sin embargo, después de que seis de los siete se derrotan, el dragón de una estrella, Li-Shinron, absorbe las otras Esferas del Dragón, formando a Super Li-Shinron. Gokū lo derrota después de la batalla más difícil de su vida, incluyendo una fusión con Vegeta más poderosa jamás vista: Super Gogeta en Super Saiyan 4.Gogeta en estado Super Saiyan 4 crea el ataque Big-Bang Kame Hame Ha, fusion del ataque de Vegeta y Gokū. Después, muestra el ataque mas potente de todas las sagas de Dragon Ball: el Big-Bang Kame Hame Ha x100. Tras la batalla, Shenron verdadero aparece de nuevo, afirmando que no serán concedidos más deseos durante mucho tiempo. Gokū, en un intercambio para poder pedir un deseo más, decide a acompañar al dragón. Mientras que Gokū vuela lejos, las siete Dragon Balls se absorben en su cuerpo, y él desaparece.
En el especial Dragon Ball GT: 100 años después, se ve como Gokū se descubre ante su tataranieto, Gokū Jr., y anima al joven saiyan para que saque sus sueños adelante.
100 años después, en el Torneo de Artes Marciales donde participa el tataranieto de Gokū (Son Goku Jr.) contra el tataranieto de Vegeta (Vegeta Jr.), Pan, ya anciana, vuelve a ver a su abuelo Gokū entre el público. Pero para cuando va al lugar donde el se encontraba, este ya había desaparecido. Más tarde, junto con los créditos de la serie (en donde se repasan los momentos más emblemáticos de Dragon Ball, Dragon Ball Z y Dragon Ball GT) vemos como Gokū despidiéndose de nosotros, salta al cielo y desaparece con la nube Kinton y su bastón.
Dado que 100 años después de "desaparecer" Gokū sigue mostrando un aspecto joven, se puede deducir que Gokū ha adquirido un alma joven e inmortal, convirtiéndose en un especie de dios guardián de las Esferas del Dragón, aunque no existe ninguna respuesta oficial hasta el momento.
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